Începând cu versiunea Android Lollipop, Google va renunţa la vechiul sistem pentru aplicarea pachetelor de actualizare OTA, bazat pe modificarea individuală a fişierelor de pe partiţia de sistem a dispozitivelor. În schimb, pentru a scurta timpul de aşteptare la aplicarea actualizărilor, partiţia de date va fi tratată ca un bloc continuu de date. Drept consecinţă, orice modificări aduse partiţiei de sistem prin aplicarea procedeului Android Root va duce la eşuarea procesului de actualizare, blocând accesul dispozitivelor la patch-uri şi versiuni noi de Android.
Mai precis, în loc de verificarea semnăturii digitale pentru fiecare fişier de pe partiţia de sistem urmată de aplicarea patch-urilor necesare, noul sistem pentru aplicarea actualizărilor OTA tratează partiţia de sistem ca pe un imens bloc de date, eşuând dacă nepotrivirea semnăturii digitale semnalează modificări faţă de versiunea oficială agreată de Google.
Deşi măsura nu împiedică root-area dispozitivelor care au fost deja actualizate, utilizatorii care preferă acest procedeu ar putea fi nevoiţi să le readucă la starea iniţială înainte de a putea aplica din noi actualizări OTA. Procedura presupune aplicarea unei imagini de sistem conţinând o versiune Android oficială nemodificată, consecinţa deloc plăcută fiind resetarea dispozitivului la setările de fabrică şi pierderea datelor stocate în memoria internă.
Motivul acestor modificări pare să aibă de-a face cu introducerea sistemului Verified Boot, implementat dar lăsat inactiv încă de la versiunea Android KitKat. Chiar dacă Google încă nu a activat noul sistem OTA pe nici un dispozitiv Nexus indiciile descoperite în codul sursă pentru Android Lollipop sugerează că modificarea ar putea fi aplicată în viitorul apropriat.