OnePlus încearcă să îşi promoveze propriul sistem de operare bazat pe Android, OxygenOS, însă cei care folosesc în continuare versiunea originală a lui OnePlus One cu Cyanogen OS nu au fost uitaţi. Cyanogen Inc. a lansat în mod oficial pentru primul model OnePlus cea mai recentă variantă a sistemului său de operare, Cyanogen OS 13, disponibilă acum prin update OTA (over-the-air). Acesta este bazat pe Android Marshmallow şi vine cu toate bonusurile aferente acestei versiuni.
Actualizarea va fi oferită în valuri, deci nu toate telefoanele OnePlus One vor primi acces la noul Cyanogen OS 13 în acelaşi timp. În cazul în care telefonul încă nu v-a atenţionat că aveţi nevoie de actualizare, probabil că va mai trebui să aşteptaţi câteva zile. Acesta este astfel primul smartphone OnePlus care rulează software bazat pe Android Marshmallow într-o variantă finală, Oxygen OS fiind în continuare bazat pe versiunea Lollipop a sistemului de operare de la Google.
Cu toate acestea, utilizatorii de OnePlus One cu OxygenOS, OnePlus 2 şi OnePlus X nu sunt atât de dezavantajaţi pe cât pare la prima vedere. Multe dintre funcţiile integrate la nivel de sistem de operare în Android 6.0 au fost deja implementate în OxygenOS cu soluţii proprietare OnePlus, în special la capitolul consum de baterie. Funcţia Doze ar putea însă ajuta telefoanele şi mai mult să limiteze consumul de enrgie.
Cei care doresc să intaleze Android Marshmallow 6.0 pe OnePlus 2, pot apela la varianta beta a lui Oxygen OS 3.0, care încă nu este gata pentru lansare oficială. Beta-ul a fost însă lansat la liber, oricine putând testa această variantă a sistemului de operare.